Chiến tranh Ōnin (応仁の乱 Ōnin no Ran, 1467–1477) dẫn đến sự tan rã và hủy hoại nghiêm trọng về chính trị của các lãnh địa: đấu tranh mãnh liệt vì đất đai và quyền lực kéo dài giữa các thủ lĩnh võ sỹ cho đến giữa thế kỷ 16. Nông dân nổi lên chống lại các lãnh chúa của họ và samurai chống lại chủ khi sự kiểm soát trung tâm về đạo đức biến mất. Hoàng gia trở nên nghèo khổ, và Mạc phủ bị kiểm soát bởi các thủ lĩnh luôn đấu tranh với nhau tại Kyoto. Các lãnh địa tại các tỉnh nổi lên từ chiến tranh Ōnin nhỏ hơn và dễ kiểm soát hơn. Nhiều daimyo (大名) nhỏ nổi lên trong số các samurai đã lật đổ lãnh chúa của mình. Việc phòng thủ biên giới được tăng cường, và các ngôi thành/lâu đài được xây dựng để bảo vệ các vùng đất mới mở rộng, rồi khảo sát đất đai được thực hiện, xây dựng đường sá, và các khu mỏ được mở cửa. Gia quy mới cung cấp nhiều biện pháp thiết thực để quản trị, nhấn mạnh đến trách nhiệm và quy tắc ứng xử. Nhấn mạnh đến thành công trong chiến tranh, quản lý đất đai và tài chính. Các liên minh đáng ngại được bảo vệ bởi những luật lệ hôn nhân hà khắc. Xã hội quý tộc bị các nhân vật quân sự áp đảo. Phần còn lại của xã hội bị kiểm soát trong một hệ thống chư hầu. Shoen bị xóa sạch và quý tộc triều đình và các lãnh chúa vắng mặt bị tước quyền sở hữu. Các daimyo mới trực tiếp kiểm soát đất đai, nông dân bị giữ trong thân phận nông nô vĩnh viễn để đổi lấy sự bảo vệ.

Ảnh hưởng tới kinh tế của chiến tranh giữa các lãnh địa

Phần lớn các cuộc chiến trong thời kỳ này đều ngắn và được địa phương hóa, mặc dù nó diễn ra trên khắp nước Nhật. Đến năm 1500 toàn bộ đất nước chìm sâu trong nội chiến. Tuy vậy, thay vì phá nát nền kinh tế địa phương, sự di chuyển thường xuyên của quân đội lại thúc đẩy giao thông và liên lạc, đổi lại là khoản thu tăng thêm cho lệ phí cầu đường và quân nhu. Để tránh những loại phí này, thương mại chuyển đến vùng trung tâm, nơi không daimyo nào kiểm soát được, và tới biển Nhật Bản. Kinh tế phát triển và mong muốn bảo vệ các lợi ích từ giao thương đưa đến sự ra đời của thương nhân và phường thợ.

Ảnh hưởng phương Tây

Cho đến cuối thời Muromachi, người châu Âu đầu tiên đã xuất hiện. Người Bồ Đào Nha đổ bộ lên phía Nam đảo Kyūshū (九州, "Cửu Châu") năm 1543 và trong vòng hai năm tiến hành các chuyến cập cảng đều đặn, bắt đầu thời kỳ kéo dài gần một thế kỷ, thời kỳ mậu dịch Nanban. Người Tây Ban Nha đến năm 1587, tiếp đó là người Hà Lan năm 1609. Người Nhật bắt đầu cố nghiên cứu kỹ lưỡng các công dân phương Tây, và các cơ hội mới được mạng lại cho nền kinh tế, cùng với sự thách thức chính trị nghiêm trọng. Hỏa khí, vải, đồ thủy tinh, đồng hồ, thuốc là, và các phát minh của phương Tây khác được đổi lấy vàng và bạc Nhật Bản. Rất nhiều tiền được tích lũy qua thương mại, và các damiyo nhỏ hơn, đặc biệt là ở Kyūshū, gia tăng mạnh mẽ quyền lực của mình. Chiến tranh giữa các tỉnh trở nên khốc liệt hơn sau sự du nhập của hỏa khí, ví dụ như súng hỏa mai và đại bác, và việc sử dụng nhiều bộ binh hơn.

Cơ Đốc giáo

Cơ Đốc giáo có ảnh hưởng đến Nhật Bản, phần lớn qua các nỗ lực của Dòn tu Jesus, đầu tiên là Thánh Francis Xavier (1506–1552), người đến Kagoshima ở phía Nam đảo Kyūshū năm 1549. Cả daimyo và thương nhân đều hướng đến sự thu xếp tốt hơn về thương mại cũng như nông dân với người cải đạo. Cho đến năm 1560 Kyoto đã trở thành một khu vực quan trọng cho hoạt động truyền giáo ở Nhật Bản. Năm 1568 cảng Nagasaki, phía Tây Bắc Kyūshū, mở cửa bởi một daimyo Cơ Đốc giáo và được giao cho dòng tu Jesus quản lý năm 1579. Cho đến năm 1582 có khoảng 150.000 người cải đạo (2% dân số) và 200 nhà thờ. Nhưng sự khoan dung của Mạc phủ với sự ảnh hưởng từ bên ngoài này giảm dần khi đất nước được thống nhất hơn và sự mở cửa giảm sút. Việc trục xuất đạo Cơ đốc bắt đầu năm 1587 và đàn áp hoàn toàn năm 1597. Mặc dù ngoại thương vẫn được khuyến khích, nó bị quản lý chặt ché, và cho đến năm 1640, sự loại trừ và đàn áp Cơ Đốc giáo đã trở thành quốc sách (Xem thời kỳ Tokugawa, 1600–1867, chương sau; Religious and Philosophical Traditions, ch. 2).